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Calculadora de peso molecular de proteínas: kDa a partir del número de aminoácidos

Estima el peso molecular de una proteína en Da y kDa a partir de su número de aminoácidos y la masa promedio por residuo (unos 110 Da), más el agua terminal.

Número de aminoácidos

Masa promedio por residuo

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Cómo funciona

PM ≈ (residuos × masa promedio por residuo) + 18.02 Da (agua de los extremos)

Cada aminoácido que se une a la cadena pierde una molécula de agua al formar el enlace peptídico, así que se suman las masas de los residuos (no las de los aminoácidos libres) y se añade una sola molécula de agua por los extremos amino y carboxilo libres. La masa promedio de unos 110 daltons por residuo sale de la composición típica de aminoácidos de las proteínas, y por eso la regla rápida de «residuos × 110» da cifras muy parecidas a las de los calculadores basados en la secuencia. Para un valor exacto, suma las masas de cada residuo de la secuencia real.

Ejemplo resuelto

Una proteína de 300 aminoácidos con 110 Da por residuo pesa 300 × 110 + 18.02 ≈ 33,018 Da, unos 33.02 kDa, el tamaño típico de una enzima de un solo dominio. Una de 150 residuos pesaría unos 16,518 Da (16.52 kDa).

Fuentes: Proteins — average residue mass

Preguntas frecuentes

¿Por qué se usan 110 Da por residuo?

Es la masa promedio de los 20 aminoácidos ponderada por la frecuencia con que aparece cada uno en las proteínas reales. Las secuencias muy ricas en triptófano (204 Da) o en glicina (57 Da) se alejan de ese promedio.

¿Incluye glicosilaciones u otras modificaciones?

No. Es la masa del polipéptido desnudo. Los azúcares, fosfatos, lípidos y otras modificaciones postraduccionales añaden masa y hay que contarlas aparte.

¿Qué relación tiene el peso molecular con la migración en un gel SDS-PAGE?

El SDS-PAGE separa las proteínas desnaturalizadas más o menos según el logaritmo de su peso molecular, igual que el ADN en agarosa, así que los kDa se estiman con un marcador de proteínas usando la misma idea de log contra distancia.

¿Cuántos kDa pesa una proteína de 600 aminoácidos?

Con 110 Da por residuo, unos 600 × 110 + 18.02 ≈ 66,018 Da, es decir, alrededor de 66 kDa.

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Esta calculadora tiene fines informativos. Verifica los resultados importantes antes de tomar decisiones.