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Calculadora de tamaño de bandas en electroforesis: estima los pb con tu marcador

Estima el tamaño en pares de bases de una banda desconocida en un gel de agarosa con dos bandas del marcador de peso molecular y una curva estándar logarítmica.

Tamaño del marcador 1

Distancia recorrida por el marcador 1

Tamaño del marcador 2

Distancia recorrida por el marcador 2

Distancia de la banda desconocida

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Cómo funciona

log₁₀(tamaño) = pendiente × distancia + ordenada al origen · Pendiente = [log(tamaño₂) − log(tamaño₁)] ÷ (distancia₂ − distancia₁) · Tamaño = 10^log₁₀(tamaño)

En un gel de agarosa, la distancia que recorre un fragmento es aproximadamente lineal respecto al logaritmo de su tamaño: los fragmentos pequeños corren rápido y lejos, y los grandes se quedan cerca del pozo. Dos bandas del marcador (la escalera de peso molecular) definen una recta en la gráfica de log(tamaño) contra distancia, y sobre esa recta se lee la banda desconocida. Las escaleras reales tienen muchas bandas y se ajustan por regresión, pero dos puntos bien separados que encierren a la banda desconocida dan una estimación sólida.

Ejemplo resuelto

En el gel de Ana, un marcador de 1,000 pb recorre 20 mm y uno de 100 pb recorre 50 mm. La pendiente es (2 − 3) ÷ (50 − 20) ≈ −0.0333 unidades log por mm y la ordenada al origen, 3.667. Una banda a 35 mm tiene log(tamaño) = −0.0333 × 35 + 3.667 = 2.500, es decir, 10^2.5 ≈ 316 pb.

Fuentes: Gel electrophoresis — Wikipedia

Preguntas frecuentes

¿Por qué la migración es lineal con el logaritmo del tamaño y no con el tamaño?

La matriz del gel funciona como un tamiz, y la movilidad del ADN cae de forma logarítmica con su longitud dentro del rango de resolución. Graficar log(tamaño) contra distancia endereza la relación para poder ajustar una recta.

¿Puedo confiar en una estimación fuera de los dos marcadores?

Extrapolar más allá de los marcadores que encierran a la banda es poco confiable, porque la relación log-lineal se curva en los extremos. Elige bandas de la escalera que queden a ambos lados de la desconocida para una lectura más precisa.

¿Conviene usar más de dos puntos?

Sí, para mayor exactitud. Un ajuste por mínimos cuadrados con muchas bandas de la escalera promedia el error de lectura; el método de dos puntos es una aproximación rápida.

¿Qué significa pb?

Pares de bases, la unidad de longitud del ADN de doble cadena (en inglés, bp). 1 kb equivale a 1,000 pb.

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Esta calculadora tiene fines informativos. Verifica los resultados importantes antes de tomar decisiones.