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Calculadora de fragmentos de restricción: cuántos fragmentos da tu digestión

Calcula cuántos fragmentos produce una digestión con enzimas de restricción en ADN lineal o circular (plásmido), su tamaño promedio y los sitios esperados al azar.

Número de sitios de corte

Topología del ADN

Longitud total del ADN

Longitud del sitio de reconocimiento

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Cómo funciona

Lineal: fragmentos = sitios + 1 · Circular: fragmentos = sitios · Frecuencia esperada = 1 sitio cada 4^(longitud del sitio de reconocimiento) pb

Una molécula de ADN lineal queda dividida en un fragmento más que el número de cortes, porque sus dos extremos libres ya existen; un plásmido circular no tiene extremos, así que n cortes dan exactamente n fragmentos. La frecuencia esperada de un sitio de reconocimiento supone una secuencia al azar con las cuatro bases igual de probables: un sitio de 6 bases aparece en promedio una vez cada 4⁶ = 4,096 pb. Ese valor sirve de referencia para comparar con el gel y saber si una secuencia tiene más o menos sitios de lo normal.

Ejemplo resuelto

Luis corta un ADN lineal de 10,000 pb en 5 sitios: obtiene 5 + 1 = 6 fragmentos de unos 10,000 ÷ 6 ≈ 1,667 pb en promedio. Con una enzima de 6 bases se espera un sitio cada 4⁶ = 4,096 pb, así que al azar habría unos 10,000 ÷ 4,096 ≈ 2.44 sitios. Si el mismo ADN fuera un plásmido circular, los 5 cortes darían 5 fragmentos de 2,000 pb en promedio.

Fuentes: Restriction site — Wikipedia

Preguntas frecuentes

¿Por qué un plásmido da menos fragmentos que una molécula lineal?

Un círculo no tiene extremos libres, así que el primer corte solo lo linealiza. Por eso n cortes dan exactamente n fragmentos, mientras que una molécula lineal con el mismo número de cortes da n + 1.

¿Cómo se calcula la frecuencia de corte esperada?

Si la secuencia es aleatoria y las cuatro bases son igual de probables, un sitio específico de k bases aparece con probabilidad (1/4)^k en cada posición, es decir, en promedio una vez cada 4^k bases: 256 pb para una enzima de 4 bases y 4,096 pb para una de 6.

¿Por qué mi digestión real no coincide con lo esperado?

Los genomas no son aleatorios: el contenido GC, la metilación y los motivos repetidos alteran la frecuencia de los sitios, así que el valor esperado es una referencia, no una predicción exacta del número de cortes.

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