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Calculadora de ligación inserto:vector: ng de inserto para tu relación molar

Calcula cuántos nanogramos de inserto necesitas para una relación molar inserto:vector dada, según el tamaño de los fragmentos y la masa de vector en tu ligación.

Masa de vector

Longitud del vector

Longitud del inserto

Relación molar inserto : vector

Concentración del stock de inserto (opcional)

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Cómo funciona

Inserto (ng) = vector (ng) × (pb del inserto ÷ pb del vector) × relación molar · fmol ≈ ng ÷ (pb × 0.00065)

La eficiencia de una ligación depende del número de moléculas, no de la masa. Un inserto corto pesa menos por molécula, así que poner los mismos nanogramos que de vector lo dejaría en un exceso enorme. Al escalar por la razón de longitudes igualas los moles, y a partir de ahí aplicas la relación deseada: 3:1 es el punto de partida habitual para extremos cohesivos (el rango típico va de 1:1 a 5:1, y los extremos romos agradecen proporciones más altas). Demasiado inserto favorece los concatémeros.

Ejemplo resuelto

Ana va a ligar 50 ng de un vector de 3,000 pb con un inserto de 750 pb en relación 3:1. Inserto = 50 × (750 ÷ 3,000) × 3 = 50 × 0.25 × 3 = 37.5 ng. Si su stock de inserto está a 20 ng/µL, necesita 37.5 ÷ 20 = 1.88 µL. En moles, el vector son 25.6 fmol y el inserto 76.9 fmol, justo el triple.

Preguntas frecuentes

¿Cuánto vector debo usar en una ligación?

Entre 25 y 100 ng en una reacción de 10 a 20 µL. Los ensamblajes Gibson y Golden Gate siguen sus propias reglas molares, a menudo 2:1 con 50 a 100 fmol en total.

¿De dónde sale el factor 0.00065?

Un par de bases pesa en promedio 650 g/mol, así que 1 fmol de un fragmento de 1 pb equivale a 0.00065 ng.

¿Qué relación inserto:vector conviene para extremos romos?

Las ligaciones de extremos romos son menos eficientes, así que suele subirse la relación a 5:1 o más y aumentar un poco la cantidad de ligasa o el tiempo de incubación.

¿Cómo convierto nanogramos de ADN a fmol?

Divide los nanogramos entre (pb × 0.00065). Por ejemplo, 50 ng de un plásmido de 3,000 pb son 50 ÷ 1.95 = 25.6 fmol.

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