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Calculadora de reverso complementario: secuencia complementaria e inversa de ADN

Obtén el reverso complementario, la complementaria o la inversa de ADN o ARN (una secuencia o varios registros FASTA), con códigos IUPAC, salida en ADN o ARN, mayúsculas conservadas y agrupación en bloques o codones, más longitud, conteo de bases, GC, Tm básica y ajustada por sal, peso molecular y detección de palíndromos.

Secuencia de ADN

Resultado principal

Salida como

Conservar mayúsculas y minúsculas (por ejemplo, repeticiones enmascaradas)

Agrupar la salida

Mostrar los extremos 5′ y 3′

Na⁺ para la Tm ajustada por sal

Cargando calculadora…

Cómo funciona

Complemento: A↔T (U), C↔G; IUPAC R↔Y, K↔M, B↔V, D↔H; S, W y N no cambian · reverso complementario = complemento leído al revés, escrito 5′→3′ · GC % = (G + C) ÷ longitud · Tm básica = 2(A+T) + 4(G+C) con menos de 14 nt; si no, 64.9 + 41(G+C − 16.4) ÷ N · Tm ajustada por sal = 100.5 + 41(G+C) ÷ N − 820 ÷ N + 16.6·log₁₀[Na⁺] · PM de ADN de cadena sencilla = 313.21·A + 289.18·C + 329.21·G + 304.2·T − 61.96

Las dos cadenas del ADN son antiparalelas, así que la secuencia de la cadena opuesta leída de 5′ a 3′ es el reverso complementario. Lo necesitas para diseñar un primer reverso, buscar un motivo en la otra cadena o comprobar cómo debería verse una lectura de secuenciación hecha desde el otro extremo. Pega una secuencia simple o varios registros FASTA: se ignoran espacios, saltos de línea y números de posición, los códigos de ambigüedad IUPAC se complementan por pares (R, purina, con Y, pirimidina, y así sucesivamente) y las letras desconocidas se señalan en lugar de borrarse sin aviso. Puedes elegir como resultado principal la complementaria o la inversa, escribir la salida como ADN o ARN, conservar las minúsculas de regiones enmascaradas, separarla en bloques de 10 o en codones y marcar los extremos 5′ y 3′. Además obtienes el conteo de bases, el contenido de GC, las temperaturas de fusión básica y ajustada por sal que usa OligoCalc, el peso molecular del oligo (5′-OH, tal como se sintetiza), el primer ATG de cada cadena y si la secuencia es palindrómica, como un sitio de restricción. Para primers de PCR, la calculadora de Tm de primers usa termodinámica de vecinos más cercanos.

Ejemplo resuelto

Ana pega la secuencia ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG, de 39 nt (13 codones), con 22 G o C, es decir, 56.4% de GC. Su reverso complementario es CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT. La Tm básica es 64.9 + 41 × (22 − 16.4) ÷ 39 = 70.8 °C y, con 50 mM de Na⁺, la Tm ajustada por sal es 100.5 + 41 × 22 ÷ 39 − 820 ÷ 39 + 16.6 × log₁₀(0.05) = 81.0 °C. Como oligo de cadena sencilla pesa 12,112.9 g/mol y el primer ATG está en la posición 1.

Fuentes: IUPAC-IUB — Nomenclature for incompletely specified bases in nucleic acid sequences · OligoCalc — oligonucleotide properties calculator (Tm and molecular weight formulas) · Sequence Manipulation Suite — Reverse Complement

Preguntas frecuentes

¿Cuál uso para diseñar un primer reverso?

El reverso complementario del extremo 3′ de tu secuencia blanco, escrito de 5′ a 3′ tal como lo pedirías al proveedor. Activa «Mostrar los extremos 5′ y 3′» para ver la orientación escrita.

¿Funciona con ARN?

Sí: las secuencias con U se leen como ARN y la salida conserva la U. Elige «ADN (T)» o «ARN (U)» en Salida como para convertir entre ambos, por ejemplo para obtener el molde de ADN de un siRNA.

¿Qué diferencia hay entre complementaria y reverso complementario?

La complementaria cambia cada base por su pareja pero conserva el orden, así que queda escrita 3′→5′ bajo la original. El reverso complementario además la invierte para leerla 5′→3′, que es como se escriben las secuencias por convención.

¿Puedo convertir varias secuencias a la vez?

Sí: pégalas en formato FASTA, cada una empezando con una línea que comience con «>». Los resultados muestran el primer registro y una tabla lista todas las secuencias con su longitud, su contenido de GC y la secuencia convertida.

¿Qué significan letras como R, Y o N en una secuencia?

Son códigos IUPAC de ambigüedad: R es A o G (purina), Y es C o T (pirimidina), S es G o C, W es A o T, K es G o T, M es A o C, B, D, H y V representan tres bases y N cualquier base. Cada uno se reemplaza por el código del conjunto complementario.

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Esta calculadora tiene fines informativos. Verifica los resultados importantes antes de tomar decisiones.