Calculadora de gel de agarosa: porcentaje y receta según el tamaño de tus fragmentos
Elige el porcentaje de agarosa según el tamaño de tus fragmentos de ADN, o fija el tuyo, y obtén los gramos de agarosa, el buffer TAE o TBE, el agua, el colorante, el buffer de corrida y el voltaje para cualquier charola y número de geles.
Cómo funciona
gramos de agarosa = % × volumen del gel (mL) ÷ 100 · volumen del gel = largo × ancho × grosor de la charola (cm) × geles · volumen de stock = volumen × concentración de trabajo ÷ concentración del stock · colorante (1:X) = volumen × 1,000 ÷ X, en µL · voltaje = 5–8 V × cm entre electrodos
La agarosa forma una red porosa cuyos poros se hacen más pequeños conforme sube la concentración: los fragmentos pequeños necesitan un gel denso para frenarse y separarse, y los grandes uno más abierto para poder avanzar. La calculadora elige el porcentaje según el fragmento más pequeño y revisa que el más grande quede dentro del rango de ese gel; si no, pasa a un gel más abierto que cubra ambos o te sugiere correr dos geles. También puedes forzar cualquier porcentaje. Un porcentaje es simplemente gramos por cada 100 mL, así que la receta sale del volumen: escríbelo, o da el largo, el ancho y el grosor de la charola, y el número de geles. El buffer debe ser el mismo en el gel y en la cámara para que la corriente y el calentamiento sean uniformes; en Más opciones puedes calcular el buffer de corrida con el mismo stock y el voltaje según la distancia entre electrodos. Los colorantes que se intercalan en el ADN se agregan cuando la agarosa ya se enfrió lo suficiente para no degradarlos, pero antes de que gelifique.
Ejemplo resuelto
Ana quiere separar fragmentos de 500 pb a 3 kb en una charola mini de 50 mL. Le conviene un gel de agarosa al 1.0%: 1.0 × 50 ÷ 100 = 0.50 g de agarosa. Con TAE 50× mezcla 1.0 mL de stock con 49.0 mL de agua desionizada, calienta, deja enfriar a ~55–60 °C, añade 5.0 µL de SYBR Safe y vierte. Si su charola mide 10 × 7 cm y la llena a 5 mm, el volumen es 10 × 7 × 0.5 = 35 mL y necesita 0.35 g. Para 300 mL de buffer de corrida usa 6 mL de TAE 50× y 294 mL de agua, y con electrodos a 20 cm corre a 100–160 V.
Fuentes: miniPCR — Choosing the right agarose percentage · Cold Spring Harbor Protocols — TAE recipe · OpenWetWare (Maloof Lab) — electrophoresis buffers
Preguntas frecuentes
¿TAE o TBE?
TAE para geles de rutina y para todo lo que vayas a extraer del gel o clonar, porque el borato inhibe las ligasas y algunas polimerasas. TBE a 0.5× para fragmentos pequeños, corridas largas y bandas más nítidas.
¿Puedo volver a fundir un gel usado?
Un gel en el que no cargaste ADN se puede fundir un par de veces, pero en cada ciclo se evapora agua (sube el porcentaje) y se degrada el colorante. Pésalo, repón el agua y vuelve a añadir colorante.
¿Cuántos gramos de agarosa lleva un gel al 1%?
1 g por cada 100 mL de buffer. Para una charola de 50 mL son 0.50 g y para una de 35 mL, 0.35 g. Si preparas varios geles, indica cuántos y la calculadora multiplica la agarosa, el buffer y el colorante.
¿Cómo calculo el volumen según mi charola?
Multiplica el largo y el ancho interiores por la altura a la que la llenas, todo en cm: una charola de 10 × 7 cm llenada a 0.5 cm lleva 35 mL. Elige «Escribir las medidas de la charola» y la calculadora lo hace por ti.
¿A qué voltaje corro el gel?
A unos 5–8 V por cada cm de distancia entre los electrodos (no el largo del gel). Con electrodos a 20 cm son 100–160 V. Más voltaje corre más rápido pero calienta el gel y barre los fragmentos grandes.
Calculadoras relacionadas
Fórmulas de laboratorio estándar y recetas de libro de texto (convenciones de Sambrook, Bio-Rad y Thermo Fisher). Si tu kit o el manual de tu equipo indican otra cosa, síguelos, y valida con controles: esta herramienta no sustituye la capacitación de laboratorio ni los procedimientos de seguridad.