Calculadora de gel SDS-PAGE: porcentaje de acrilamida y receta del gel separador y concentrador

Cómo funciona

Volumen de mezcla = volumen por gel × geles × (1 + extra) · Stock de acrilamida = volumen × % del gel ÷ % del stock · Separador: 25% v/v de Tris 1.5 M pH 8.8, 1% v/v de SDS al 10%, APS al 10% al 1% (Sambrook) o 0.5% (Bio-Rad), TEMED 0.04–0.08% o 0.05% · Concentrador: Tris 1.0 M pH 6.8 al 12.5% v/v (Sambrook, gel al 5%) o Tris 0.5 M al 25% v/v (Bio-Rad, gel al 4%) · Agua hasta completar el volumen

El tamaño de poro de la poliacrilamida depende de la concentración de acrilamida: un porcentaje alto separa bien las proteínas pequeñas pero atrapa las grandes cerca del pozo, así que conviene el gel separador que lleve tu proteína más o menos a la mitad. La calculadora lo elige a partir de una guía de rangos de separación. En Más opciones puedes agregar una segunda proteína: busca un porcentaje que cubra las dos o te indica que uses un gel en gradiente. El sistema discontinuo de Laemmli primero concentra la muestra en una banda delgada en un gel de bajo porcentaje a pH 6.8, donde los iones de glicina avanzan despacio, y luego la separa en el gel a pH 8.8. Cada componente es una fracción fija del volumen final, así que la receta se escala a cualquier número de geles y cualquier cassette. Elige un tamaño de minigel o escribe los volúmenes, y escoge la convención de Sambrook (1% de APS, concentrador al 5% con Tris 1.0 M) o la de Bio-Rad (0.5% de APS, concentrador al 4% con Tris 0.5 M). El volumen de acrilamida depende de tu stock, al 30% o al 40%. El persulfato de amonio aporta radicales libres y el TEMED acelera su formación, por eso ambos se agregan al final. Un 10% extra cubre las pérdidas al pipetear y el menisco.

Ejemplo resuelto

Para una proteína de 55 kDa, Sofía necesita un gel separador al 10%. Dos minigeles de 5 mL más un 10% suman 11 mL: 11 × 10 ÷ 30 = 3.67 mL de acrilamida al 30%, 2.75 mL de Tris 1.5 M pH 8.8, 110 µL de SDS al 10%, 110 µL de APS al 10%, 4.4 µL de TEMED y 4.36 mL de agua. Los 4.4 mL de gel concentrador al 5% llevan 0.73 mL de acrilamida, 0.55 mL de Tris 1.0 M pH 6.8, 44 µL de SDS y de APS, 4.4 µL de TEMED y 3.02 mL de agua. Con un stock al 40%, el separador lleva solo 2.75 mL de acrilamida y el agua sube para completar el volumen.

Fuentes: Bio-Rad — A Guide to Polyacrylamide Gel Electrophoresis and Detection (Bulletin 6040) · Bitesize Bio — SDS-PAGE gel recipe

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